คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยหัวเฉียวเฉลิมพระเกียรติ จัดตั้งขึ้นเมื่อพ.ศ. 2536 ดำเนินการสอนหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิตเพื่อผลิตบัณฑิตทางเภสัชศาสตร์ให้มีคุณภาพตามมาตรฐานสากล เพื่อตอบสนองความต้องการของประเทศที่ยังขาดเภสัชกร บัณฑิตคณะเภสัชศาสตร์จะเป็นผู้ที่มีความใฝ่รู้และใฝ่ศึกษาด้วยตนเอง สามารถแก้ปัญหา มีความคิดริเริ่มสร้างสรรค์ในการพัฒนาวิชาการด้านเภสัชศาสตร์ เป็นผู้ที่มีความรอบรู้เรื่องยาในทุกด้าน ได้แก่ การผลิตยา การจ่ายยา ติดตามและแนะนำการใช้ยา การบริหารและการจ่ายยา เป็นต้น สามารถให้บริการแก่สังคมในสายวิชาชีพเภสัชกรรม และการสาธารณสุขให้มีประสิทธิผลทางด้านสุขภาพ และอนามัยต่อชุมชนทั้งในเมืองและชนบท โดยยึดมั่นในจรรยาแห่งวิชาชีพ มีมนุษย์สัมพันธ์ และเจตคติที่ดีต่อสังคม
เดิมหลักสูตรของคณะเภสัชศาสตร์เป็นหลักสูตรปริญญาตรี 5 ปี โดยการศึกษาช่วง 4 ปีแรกจะเป็นรายวิชาจำเป็นพื้นฐานสำหรับวิชาชีพทางเภสัชศาสตร์ ส่วนปีที่ 5 จะเป็นกลุ่มวิชาเลือกในสาขาวิชาต่างๆ 3 สาขา คือ สาขาเภสัชผลิตภัณฑ์ สาขาชีวเภสัชศาสตร์ และสาขาเภสัชกรรมบริหาร ซึ่งนักศึกษาสามารถเลือกสาขาใดสาขาหนึ่งได้ตามความถนัดอันจะเป็นการเตรียมความพร้อมก่อนสำเร็จการศึกษา
ต่อมาในปีการศึกษา 2552 คณะเภสัชศาสตร์ได้มีการเปลี่ยนแปลงหลักสูตรปริญญาตรีเป็นหลักสูตร 6 ปี คือ หลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต (ภ.บ.) และเปิดสอนในระดับปริญญาโทอีก 2 หลักสูตร คือ หลักสูตรเภสัชศาสตรมหาบัณฑิต (ภ.ม.) สาขาเทคโนโลยีเภสัชกรรม และหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (วท.ม.) สาขาวิทยาศาสตร์เครื่องสำอาง
ในปัจจุบัน คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยหัวเฉียวเฉลิมพระเกียรติ ได้เปิดการเรียนการสอนในระดับปริญญาตรี 1 หลักสูตร คือ หลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต (ภ.บ.) ฉบับปรับปรุง พ.ศ. 2557 ใช้เวลาในการศึกษา 6 ปี โดยในชั้นปีที่ 5 จะแบ่งนักศึกษาออกเป็น 2 สาย ได้แก่ สายเทคโนโลยีการผลิตและพัฒนาเภสัชภัณฑ์ และสายบริบาลทางเภสัชกรรม ส่วนในระดับปริญญาโทมี 1 หลักสูตร คือ หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (วท.ม.) สาขาวิทยาศาสตร์เครื่องสำอาง ฉบับปรับปรุง พ.ศ. 2556